Según documentos recién descubiertos y entrevistas con exfuncionarios del Departamento de Justicia, la investigación sobre la Fundación Clinton se mantuvo abierta durante gran parte de la administración del presidente Donald Trump. La investigación se centró en las interacciones de la fundación con donantes extranjeros durante el mandato de Hillary Clinton como secretaria de Estado.
El New York Times informó el lunes que el caso se cerró poco antes de que Trump terminara su mandato, según los documentos obtenidos a través de una demanda de la Ley de Libertad de Información.
A pesar de la intensa presión y promesas de campaña de Trump para "encerrarla", la investigación sobre Clinton continuó incluso cuando los agentes del FBI y fiscales no encontraron pruebas concluyentes. Los republicanos esperaban encontrar evidencia de corrupción que perjudicaría las perspectivas políticas de Clinton y la investigación se convirtió en un tema importante para ellos.
En 2015, se inició una investigación sobre la Fundación Clinton después de la publicación del libro "Clinton Cash: The Untold Story of How and Why Foreign Governments and Businesses Helped Make Bill and Hillary Rich" por parte del autor conservador Peter Schweizer. El libro examinó las donaciones hechas por entidades extranjeras a la fundación. Los republicanos acusaron a Clinton de haber participado en un quid pro quo al apoyar la venta de Uranium One, una empresa canadiense relacionada con intereses mineros en los Estados Unidos, a una agencia nuclear rusa a cambio de importantes donaciones a la fundación.
En el año 2016, el FBI comenzó una investigación preliminar sobre las afirmaciones hechas en un libro, pero se basó en información no verificada. Posteriormente, iniciaron investigaciones adicionales en Nueva York y Little Rock, Arkansas, con base en informes de fuentes confidenciales. Sin embargo, el Departamento de Justicia expresó dudas sobre la validez de estas investigaciones, lo que causó frustración entre los agentes del FBI. Algunos fiscales incluso creyeron que el libro había sido desacreditado.
La investigación de la Fundación Clinton generó tensión entre el FBI y el Departamento de Justicia, lo que resultó en disputas públicas y el despido del subdirector del FBI, Andrew G. McCabe. Se le acusó de filtrar información sobre el caso y mentir al respecto, pero los intentos del Departamento de Justicia para enjuiciarlo no tuvieron éxito.
La investigación sobre la fundación fue supervisada por agentes en Nueva York en 2016, pero los fiscales no emitieron citaciones. La investigación parecía estar inactiva hasta que se trasladó a Little Rock. En 2018, los fiscales obtuvieron una citación para la fundación y entrevistaron a su exdirector financiero. Finalmente, el caso fue cerrado por fiscales de carrera en Little Rock en enero de 2021, y el FBI recibió un memorando de declinación en agosto de 2021, lo que significa el final del asunto.